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医師から「2、3日禁欲」の指示がある通り、禁欲期間が短すぎても長すぎても精子の質(運動率など)が低下する可能性があります。27日と29日にタイミングを取られているので、10月3日の診察時点で十分な禁欲期間(約4日)が確保でき、良好な精子が得られる見込みです。
現在の状況(卵胞12mm、排卵検査薬陰性)から考えると、10月3日の診察まで新たなタイミングを取る必要はありませんが、もし精子の質(運動率)に不安がある場合、10/1にもう1回タイミングをとったほうが安心です。